水俣病資料館は、水俣病の経緯を整理し、水俣病の歴史と現状を正しく認識し、悲惨な公害を二度と繰り返してはならないという切なる願いと、貴重な資料が散逸しないよう収集保存し、これを後世への警鐘としていくことを目的としている。館内では、写真・パネル・映像によって水俣病の歴史等を紹介しています。その他、水俣病の患者さんらから直接その体験を聴講する、語り部制度もある（要予約）。
国立水俣病総合研究センターの付属施設として平成13年に設置されました。水俣病に関する資料や情報の収集・保管・整理を行うとともに、水俣病に関する研究を行い、情報ネットワークを通じて研究者や市民に情報を提供している。また学術研究等の会議を開催できる機能も備えている。
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